จัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทย และนักวิชาการญี่ปุ่น ได้ปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่น และจังหวัดพระนครศรีอยุธยาที่เคยเสนอ ปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็น หมู่บ้านญี่ปุ่น และสร้างพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่นมาเป็นการเสนอ ให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ประกอบด้วยอาคารหลัก ตั้งอยู่บนถนนโรจนะ ติดกับมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร ศรีอยุธยาในเกาะตัวเมือง และอาคารผนวก ตั้งอยู่ ณ บริเวณเคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่น ต. เกาะเรียน ศูนย์ฯ นี้เป็นสถาบันวิจัยแห่งชาติด้านอยุธยาศึกษา โดยเฉพาะ ประวัติศาสตร์ไทยสมัยที่พระนครศรีอยุธยาเป็นราชธานี เป็นพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ ์อยุธยา ซึ่งแสดงสิ่งจำลองที่ได้มาจากการค้นคว้าวิจัย โดยใช้วิธีการและเทคโนโลยีของ การจัดพิพิธภัณฑ์และการจัดแสดงนิทรรศการสมัยใหม่ รวมทั้งเป็นศูนย์ข้อมูลและ ห้องสมุดกับประวัติศาสตร์อยุธยา เปิดทำการทุกวัน เว้น วันจันทร์ อังคาร เวลา 9.00-16.30 น. วันหยุดปิดเวลา 17.00 น.